ANRS0001S COV-POPART : Réponse humorale des personnes vivant avec le VIH à 12 mois d'un schéma de vaccination Covid-19

Introduction Les réponses immunitaires humorales 12 mois après la primovaccination Covid-19 par des vaccins à ARNm chez des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) ont été comparées à celles obtenues chez des participants contrôles. Matériels et méthodes Les réponses des PVVIH et les contrôles séronégatifs inclus dans la cohorte prospective multicentrique ANRS0001S COV-POPART ont été analysées. Le pourcentage (IC 95%) de répondeurs (anticorps IgG anti-Spike positifs) et les moyennes géométriques des titres (IC 95%) des anticorps IgG anti-Spike (BAU/mL) ont été évalués à 1 mois et 6 mois après la 2ème dose du schéma de primovaccination et à 12 mois uniquement chez ceux ayant reçu une dose de rappel. Les anticorps neutralisants spécifiques (test de neutralisation in vitro contre la souche originale, Delta et Omicron BA.1) ont été mesurés dans un échantillon de participants. Les participants ayant à l'inclusion ou au cours des visites de suivi des anticorps anti-nucléocapside (NCP) positifs ont été exclus. Les tests sérologiques (ELISA Euroimmun) et la séroneutralisation ont été évalués de manière standardisée et centralisée. Résultats Au total, 858 PVVIH et 1156 contrôles ont été inclus. Les PVVIH étaient plus âgées que les contrôles: 55,2 ans (49,6-60,6) vs 46,6 ans (36,3-56,6) et plus fréquemment des hommes (75,1% vs 48,9%). Parmi les PVVIH, 97,3% étaient sous traitement antirétroviral, 95,6% avaient une charge virale indétectable et 71,8% avaient un taux de CD4 supérieur à 500 cellules/mm3. Les participants avaient principalement reçu le BNT162b2 en primovaccination (93% des PVVIH vs 84% des témoins) et 53,1% avaient reçu une dose de rappel (57,2% des PVVIH (délai médian après la 2ème dose: 6,1 mois [5,9-6,7]) et 50,1% des contrôles (délai médian 6,0 mois [5,5-6,2])). Le pourcentage de répondeurs 1 mois après la 2ème dose était élevé mais plus faible chez les PVVIH que chez les contrôles ((98,7% [97,7;99,3] vs 99,9% [99,5;99,9], p=0,0001)). Les PVVIH présentaient des niveaux significativement plus faibles d'anticorps anti-Spike à 1 mois ((1188 [650;2067] vs 1506 [950;2507] BAU/mL, p<0,0001)) et 6 mois (149 [95;235] vs 194 [124;314] BAU/mL, p=<0,0001) mais des niveaux similaires à 12 mois (520 [269;1198] vs 427 [259;1087] BAU/mL, p=0,3387) chez ceux ayant reçu une dose de rappel. Les PVVIH présentaient des anticorps neutralisants significativement plus faibles contre les souches originales, Delta et Omicron BA.1 à 1, 6 et 12 mois après la primovaccination par rapport aux contrôles. La dose de rappel a augmenté de manière significative les titres d'anticorps neutralisants contre les souches originales et Delta et, dans une moindre mesure, contre Omicron. Conclusion Les taux de répondeurs à 1 et 6 mois d'un schéma de primo-vaccination Covid-19 à ARNm étaient élevés chez les PVVIH mais leurs titres d'anticorps totaux et neutralisants étaient inférieurs à ceux des contrôles. Une dose de rappel d'ARNm a augmenté les titres d'anticorps IgG anti-Spike à des niveaux similaires à ceux des contrôles, mais l'activité neutralisante, notamment contre Omicron, est restée plus faible. Liens d'intérêts déclarés P.L. Interventions ponctuelles: Astrazeneca, GSK, Moderna, MSD, Pfizer, Sanofi

Persistance des anticorps neutralisants induits par le vaccin à protéine recombinante souche B1.531 contre les variants Omicron du SARS-COV-2

Introduction Nous avons précédemment montré que le vaccin monovalent (souche B1.351) à protéine recombinante avec adjuvant AS03 (MVB.1.351, Sanofi/GSK), administré en 1ère dose de rappel chez des adultes préalablement vaccinés par 2 doses du vaccin BNT162b2 (Pfizer-BioNTech), induit une meilleure réponse immunitaire qu'une 3ème dose de vaccin BNT162b2 à 15 jours du rappel, tant sur la souche sauvage que sur les 3 variants testés (Delta, Beta et Omicron BA.1). Nous montrons ici la persistance d'anticorps neutralisants contre Omicron BA.5, jusqu'à 6 mois post vaccination. Matériels et méthodes Dans le cadre d'un essai multicentrique, randomisé en simple aveugle selon le ratio 1.1.1, les participants ont reçu l'un des trois vaccins suivants en 1ère dose de rappel: les vaccins à protéine recombinante MV B.1.351 ou MVD614 (Sanofi/ GSK) ou le vaccin BNT162b2. La persistance des anticorps neutralisants contre la souche sauvage et divers variants du SARS-CoV2, y compris Omicron BA.1 et BA.5, jusqu'à 6 mois après le rappel, a été évaluée à l'aide d'un test de microneutralisation. L'analyse de la population per-protocole inclut les participants sans infection par le SRAS CoV-2 (sérologie anti-nucléocapside négative ou test de confirmation pour le SRAS CoV-2) entre le 28e jour et le 6e mois (M6) après le rappel. Résultats Parmi les 247 participants randomisés, 99 participants ont été inclus dans l'analyse per protocole à M6 (32 dans le groupe MVD614, 35 dans le groupe MVB.1.351 et 32 dans le groupe BNT162b2) Pour l'ensemble de la population étudiée, le vaccin MVB.1.351 a induit des titres d'anticorps neutralisants plus élevés contre la souche sauvage et les variants testés y compris Omicron BA.1 et BA.5 jusqu'à 6 mois après la dose de rappel comparés aux vaccins MVD614 et BNT162b2. À 6 mois post vaccination, la moyenne géométrique des titres (MGT) d'anticorps neutralisants contre la souche sauvage, Beta, Delta, Omicron BA.1 et Omicron BA.5 était respectivement de: 599.7 (CI 95%: 398.7 – 902.1), 221.4 (CI 95%: 133.8 – 366.4), 515.4 (CI 95%: 328.3 – 808.9), 48.6 (CI 95%: 30.5 – 77.6) et 37.5 (CI 95%: 26.3 – 53.5) pour MVD614;764.9 (CI 95%: 505.7 – 1156.9), 475.5 (CI 95%: 328.1 – 689.2), 706.6 (CI 95%: 497.0 – 1004.7), 97.5 (CI 95%: 64.7 –147.0) et 71.0 (CI95%: 49.9 – 101.2) pour MVB.1.531;252.2 (CI95%: 174.5 – 364.3);113.1 (CI95%: 77.7 – 164.7), 221.4 (CI95%: 149.7 – 327.4), 24.8 (CI95%: 17.9 – 34.4) et 23.3 (CI95%: 17.1 -31.7) pour BNT162b2 Conclusion Les titres d'anticorps neutralisants induits par le vaccin MVB.1.531 (Sanofi/GSK), administré en 1ère dose de rappel après 2 doses du vaccin BNT162b2, restent plus élevés et durables contre la souche sauvage et les variants du SRAS-COV-2 incluant Omicron BA.1 et BA.5, jusqu'à 6 mois post vaccination par rapport à une 3ème dose du vaccin BNT162b2. Ceci pourrait constituer une option intéressante pour un schéma de vaccination hétérologue. Liens d'intérêts déclarés O.L. Recherches/essais cliniques: en qualité d'investigateur principal, coodonnateur, MSD, Sanofi Pasteur, Janssen, Pfizer • Advisory Boards/DSMB: Sanofi Pasteur, Janssen, Pfizer • Cours, formations: Pfizer, MSD, Sanofi Pasteur

Bonne réponse immunitaire humorale après vaccination contre le COVID-19 dans des populations particulières pédiatriques: cohorte observationnelle française

Introduction Des cas de COVID-19 graves ont été rapportés chez des enfants et des adolescents, en particulier lorsque ceux-ci sont atteints de maladies chroniques. La réponse vaccinale chez les enfants et les adolescents peut différer de celle des adultes et entre populations pédiatriques. Nous avons évalué la réponse humorale 1 mois après primo-vaccination contre le COVID-19 au sein de populations pédiatriques. Matériels et méthodes Etude ancillaire pédiatrique (5-17 ans) de la cohorte prospective multicentrique française des patients sains ou atteints de maladie chronique (ANRS0001S-COV-POPART, NCT04824651), afin d'évaluer 1 mois après 2 ou 3 doses du vaccin à mRNA BNT162b2 dans chaque sous-population les proportions de répondeurs (IgG anti-Spike positifs), de répondeurs forts (≥2795 BAU/mL), et de répondeurs ayant des anticorps neutralisants spécifiques. Résultats Parmi 148 participants, le sérum de 71 patients et de 27 sujets contrôles ont pu être analysés. La proportion de répondeurs était de 100% (n=27) pour la population contrôle et 92% (n=65) chez les patients. Les 6 patients non-répondeurs concernaient les populations « transplantation d'organe solide (TOS) », « cancer/hémopathie (CH) » (2 leucémies aiguës), et « déficit immunitaire héréditaire (DIH) ». Les sous-populations drépanocytaires (67%), DIH (58%), et rhumatologiques (RMI, 46 %) avaient le plus de répondeurs forts. Parmi les contrôles 96% avaient des anticorps neutralisants spécifiques contre 75% des CH, 82% des TOS, 85% des RMI, et 88% des transplantés de cellules souches hématopoïétiques. Conclusion La réponse humorale au vaccin COVID-19 était généralement bonne chez les enfants et les adolescents sauf dans certaines populations d'immunodéprimées. Aucun lien d'intérêt

12-MONTH HUMORAL RESPONSE AFTER mRNA COVID-19 VACCINATION IN PEOPLE LIVING WITH HIV

Background: We compared the 12-month post primary vaccination humoral immune response to mRNA COVID-19 vaccines in PLHIV and controls. Method(s): PLHIV and HIV-negative healthy controls included in the French national multi-center prospective COVID 19 vaccine cohort study ANRS0001S COV-POPART were analyzed. Percentage (95% CI) of responders (positive anti- Spike SARS-CoV-2 IgG antibodies) and geometric means titers (95% CI) of anti-Spike SARS-CoV-2 IgG antibodies (BAU/mL) were assessed at 1 month and 6 months (M) after the 2nd dose of the primary vaccination and at 12 months in those who received a booster dose. Specific neutralizing antibodies (nAbs) (in vitro neutralization assay against original, Delta and Omicron BA.1 strains) were estimated in a subset of participants. Serological tests (ELISA Euroimmun) and seroneutralization were performed centrally. Result(s): Overall, 858 PLHIV and 1156 controls were included. PLHIV were older than controls: 55.2 years, (49.6-60.6) vs 46.6 years (36.3-56.6) and more frequently male (75.1% vs 48.9%). Among PLHIV at inclusion, 97.3% were under antiretroviral therapy, 95.6% had an undetectable viral load and 71.8% had CD4 counts above 500 cells/mm3. Participants had namely received BNT162b2 as the primary vaccination (93% in PLWHIV vs 84% in controls) and 53.1% had received a booster dose (57.2% in PLHIV (median time after the 2nd dose: 6.1 M [5.9-6.7]) and 50.1% in controls (median time 6.0 M [5.5-6.2])). Percentage of responders after the 2nd dose was lower in PLHIV than controls ((98.7% [97.7;99.3] vs 99.9% [99.5;99.9], p=0.0001)). PLHIV had significantly lower levels of anti-Spike antibodies at 1 M ((1188 [650;2067] vs 1506 [950;2507] BAU/mL, p< 0.0001)) and 6 M (149 [95;235] vs 194 [124;314] BAU/mL, p=< 0.0001) but similar levels at 12 M (520 [269;1198] vs 427 [259;1087] BAU/mL, p=0.3387) (Figure A). PLHIV had significantly lower nAbs against original, Delta and Omicron BA.1 strains at 1, 6 and 12 M after primary vaccination compared to controls. The booster dose significantly increased the titers of nAbs against original and Delta strains and, to a lower extent, against Omicron (Figure B). Conclusion(s): PLHIV had high response rates to mRNA COVID-19 vaccines but lower titers of antibodies and nAbs at 1 and 6 M after primary vaccination than controls. One mRNA booster dose increased SARS-CoV-2 IgG antibodies titers to similar levels to controls but neutralizing activity especially against Omicron remained lower. (Figure Presented).

Challenges inhérents à la mise en place d'une cohorte vaccinale COVID-19 pour les populations particulières en temps de crise: la cohorte ANRS0001S COV-POPART

Introduction En France, la campagne de vaccination COVID-19 a débuté fin 2020. Les personnes à haut risque d'infection sévère, notamment les personnes présentant des comorbidités et/ou immunodéprimées, ont été rendues prioritaires pour la vaccination. Dans ce contexte, la cohorte ANRS0001S COV-POPART a été mise en place début 2021 avec pour objectif d'évaluer les réponses immunitaires humorales et cellulaires à la vaccination COVID-19 dans ces populations spécifiques, avec plusieurs points de suivi jusque 24 mois post-vaccination. Les recommandations gouvernementales nationales ayant continuellement évolué depuis l'initiation de la cohorte, il a été nécessaire d'adapter les documents relatifs à la cohorte et son organisation. Méthodes Il s'agit d'une cohorte nationale française, multicentrique, avec un recueil prospectif de données cliniques et biologiques dans 14 sous-populations (11 groupes de participants présentant une condition chronique d'intérêt, et 3 groupes contrôles). Le protocole et le calendrier de suivi ont dû être plusieurs fois modifiés pour prendre en compte les nouvelles recommandations, dont la mise en place de doses de vaccin additionnelles, la campagne de rappels, la vaccination des enfants, etc. Un circuit de prélèvement en flux tendu a été mis en place sur la base des circuits existants de la biobanque de l'ANRS ;MIE. De même, un circuit logistique pour les PBMC a été mis en place. Des tutoriels vidéos ont été créés pour aider à la formation des centres investigateurs. L'eCRF simplifié a été paramétré pour permettre le rendu des résultats sérologiques aux participants via leurs services d'inclusion. Des procédures opératoires standardisées (POS) et des plans d'analyses statistiques (PAS) standardisés sont utilisés pour harmoniser l'analyse de toutes les données. Résultats Le protocole initial a été prêt en moins d'un mois, incluant la sélection de 36 centres cliniques, correspondant à plus de 200 services et plus de 1000 collaborateurs. Les instances réglementaires ont donné l'autorisation d'inclure le 02/03/2021. La première inclusion a eu lieu le 25/03. Entre ces deux dates, l'eCRF a été paramétré, tous les circuits définis et les POS rédigées. Plus de 6000 participants ont été inclus en moins de huit mois, et 10 amendements ont été implémentés dans le protocole en deux ans, reflétant l'évolution rapide et continue des recommandations. L'eCRF a été adapté selon les amendements, et les variables collectées ainsi que la base de données ont été actualisées. En fonction du schéma vaccinal, la visite d'inclusion et le calendrier de suivi ne sont pas identiques pour tous les participants de la cohorte, complexifiant l'analyse statistique. Un monitoring centralisé de tous les consentements a été mis en place afin de répondre aux exigences réglementaires avant l'utilisation des échantillons et leur analyse. A ce jour les consentements de plus de 90 % des participants ont été monitorés et environ 25 000 résultats sérologiques provenant d'un laboratoire partenaire sont disponibles. Conclusion La cohorte fait face à des défis de grande ampleur, de rapidité de mise en place, et d'adaptation continue aux multiples évolutions des recommandations vaccinales, entrainant une nécessaire réactivité de l'équipe à tous les niveaux, et complexifiant la gestion de la cohorte. Grâce à une certification ISO9001 et aux réseaux préexistants, ces défis ont été relevés. Mots clés COVID-19 , Vaccination , Challenges Déclaration de liens d'intérêts Les auteurs n'ont pas précisé leurs éventuels liens d'intérêts.

Immunogenicity against SARS CoV-2 ancestral strain and variants of two new COVID-19 recombinant adjuvanted vaccines compared to BNT162b2 as a third dose following two doses of BNT162b2: a single-blinded multicenter randomized controlled trial

Background. New adjuvanted recombinant protein vaccines against coronavirus disease 2019 (COVID-19) as heterologous boosters could maximize the benefits of vaccination against SARS CoV-2. Methods. In this randomized, single-blinded, multicenter trial, adults who had received two doses of Pfizer-BioNTech mRNA vaccine (BNT162b2) 3-7 months before were randomly assigned to receive a boost of BNT162b2, Sanofi/GSK SARS-CoV-2 adjuvanted recombinant protein MV D614 (monovalent parental formulation) or SARS-CoV-2 adjuvanted recombinant protein MV B.1.351 vaccine (monovalent Beta formulation). The primary endpoint was the percentage of subjects with a >= 10-fold increase in neutralizing antibody titers for the Wuhan (D614) and B.1.351 (Beta) SARS-CoV-2 viral strains between D0 and D15. Results. The percentages of participants whose neutralizing antibody titers against the Wuhan (D614) SARS-CoV-2 strain increased by a factor >= 10 between Day 0 and Day 15 was 55.3% (95% CI 43.4-66.7) in MV(D614) group (n=76), 76.1% (64.5-85.4) in MV(Beta) group (n=71) and 63.2% (51.3-73.9) in BNT162b2 group (n=76). These percentages were 44.7% (33.3-56.6), 84.5% (74.0-92.0) and 51.3% (39.6-63.0) for the B.1.351 (Beta) viral strain, respectively. Higher neutralizing antibodies rates against Delta and Omicron BA.1 variants were also elicited after Sanofi/GSK MV(Beta) vaccine compared to the other vaccines. Comparable reactogenicity profile was observed the three vaccines. Conclusion. All three vaccines boosted antibodies and neutralizing response after BNT162b2 initial course. Heterologous boosting with the Sanofi/GSK SARS-CoV-2 adjuvanted recombinant protein vaccine B.1.351 (Beta formulation) provided higher neutralizing antibodies response rates against variants, including Omicron BA.1, compared with the mRNA BNT162b2 vaccine.

One-month Humoral Response Following Two Doses of Covid-19 Vaccines in Specific populations - ANRS0001S COV POPART Cohort Study

Background. We evaluated the immune response to COVID-19 vaccines in several specific populations at high risk of severe COVID-19. Methods. Participants from the French national multi-center prospective cohort studyANRS0001S COV-POPART were included (11 specific subpopulations: and 2 control groups (18-64 years and over 65 years)). In this preliminary analysis patients and controls who had received at least two vaccine doses have been included. Percentages (95% confidence intervals (CI)) of participants with anti-Spike SARS-CoV-2 IgG antibodies (ELISA) and specific neutralizing antibodies (in vitro neutralization assay) were evaluated at one month after the second dose of COVID-19 vaccine. Results. 3703 were included: 2650 participants from specific subpopulations (171 solid cancers, 160 SOT, 100 HCT, 91 chronic renal failures, 141 systemic autoimmune diseases, 157 autoimmune inflammatory rheumatic diseases, 361 multiple sclerosis (MS) or neuromyelitis optica spectrum disorders, 61 hypogammaglobulinemia, 401 diabetic, 739 obeses non-diabetic and 476 HIV) and 1053 controls (893: 18- 64 years and 160 over 65 years). Median age was 51.7 years [InterQuartile range: 40.8 - 60.9] and 50.7% were male. Most of the participants received BNT162b2 vaccine (86.4%). In the control group, 100% (95%CI: 99.6;100.0) of those aged 18-64 and 99.4% (96.6;100.0) of those over 65 years developed anti-Spike IgG antibodies. PLWHIV, cancer and diabetic patients had high rate of responders after two doses with 98.3% (97.2;99.1), 93.0% (88.1;96.3) and 92.0% (88.9;94.5), respectively. The lowest percentage of responders was found in patients with SOT (13.8% (8.8;20.1), HSCT (34.0% (24.8;44.2) and hypogammaglobulinemia (52.5% 39.3;65.4). In both control groups, the frequency of neutralizing antibodies was similar to the anti-Spike IgG antibody response. In the immunodeficient populations, neutralizing antibodies responders tended to be less frequent than anti-Spike antibodies responders. Similar trends than for IgG antibody were identified (Figure 1). Anti-Spike and Neutralizing antibody (Ab) responses (95% CI) one month after the second dose of COVID-19 vaccine in specific and control populations. Conclusion. Lower COVID-19 vaccine humoral response was observed in specific populations than in controls, especially in patients with hypogammaglobulinemia, HSCT and SOT. (Figure Presented).

Biosynthetic proteins targeting the SARS-CoV-2 spike as antivirals

The binding of the SARS-CoV-2 spike to angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) promotes virus entry into the cell. Targeting this interaction represents a promising strategy to generate antivirals. By screening a phage-display library of biosynthetic protein sequences build on a rigid alpha-helicoidal HEAT-like scaffold (named αReps), we selected candidates recognizing the spike receptor binding domain (RBD). Two of them (F9 and C2) bind the RBD with affinities in the nM range, displaying neutralisation activity in vitro and recognizing distinct sites, F9 overlapping the ACE2 binding motif. The F9-C2 fusion protein and a trivalent -Rep form (C2-foldon) display 0.1 nM affinities and EC50 of 8- 18 nM for neutralization of SARS-CoV-2. In hamsters, F9-C2 instillation in the nasal cavity before or during infections effectively reduced the replication of a SARS-CoV-2 strain harbouring the D614G mutation in the nasal epithelium and pathogenicity. Furthermore, F9-C2 and/or C2- foldon effectively neutralized SARS-CoV-2 variants (including delta and omicron variants) with EC50 values ranging from 13 to 32 nM. With their high stability and their high potency against SARS-CoV-2 variants, αReps provide a promising tool for SARS-CoV-2 therapeutics to target the nasal cavity and mitigate virus dissemination in the proximal environment.

Identification of potent inhibitors of SARS-CoV-2 exoribonuclease by fluorescence polarization assay

The emergence of SARS-CoV-2 has triggered a pandemic with devastating consequences to the world. One of the proteins essential to the virus life cycle is nsp14, which is a bifunctional protein that encodes a 3'to 5' exoribonuclease activity in its N-terminus, and a methyl transferase activity in its C-terminus. Nsp14 in complex with the accessory protein nsp10 is involved in a proofreading mechanism that ensures the genetic stability of its massive viral genome, and is associated to the resistance against nucleotide analogs targeting the polymerase nsp12. Because of its key role, nsp14-nsp10 complex constitutes an attractive target for antiviral development. Here we present a fluorescence polarization (FP) assay development to measure the exoribonuclease activity and its inhibition in vitro. The FP method is sensitive, robust, amenable to miniaturization and offers confirmation by visualizing the degradation of the fluorescent RNA in acrylamide gels. We performed a screening of a focused library of 113 metal chelators at 20 and 5 μM compound concentration and IC50 measurement of 9 hits showing efficiency at micromolar level. We also tested the focused library in SARS-CoV-2 infected Vero cells and we confirmed 3 hits previously detected in the in vitro screening out of 6 promising inhibitors. In conclusion the FP method proposed is a reliable tool to discover inhibitors of the SARS-CoV-2 exoribonuclease activity and will help to find new antivirals to be used in combination with nucleoside analogs.

HUMORAL IMMUNE RESPONSE after COVID-19 VACCINATION in PEOPLE LIVING with HIV

Background: High effectiveness of COVID-19 vaccines was demonstrated. In people living with HIV (PLWHIV), immunogenicity and efficacy of COVID-19 vaccines might be lower. We evaluated the humoral immune response to COVID-19 vaccines in PLWHIV compared to controls without specific comorbidities. Methods: PLWHIV and controls from the French national multi-center prospective COVID 19 vaccine cohort study ANRS0001S COV-PopART were included. Participants with pre-vaccination positive SARS CoV-2 antibodies, history of SARS CoV-2 infection, or positive SARS CoV-2 anti-nucleocapsid (NCP) antibodies were excluded. Percentage (95% confidence interval (CI)) of responders, geometric means (95% CI) of anti-Spike SARS-CoV-2 IgG antibodies (ELISA) and specific neutralizing antibodies (in vitro neutralization assay) were estimated one month after the second vaccine dose. Serological tests (ELISA Euroimmun) with tests limits and seroneutralization for the original SARS-CoV-2 strain were performed centrally. Results: Among the 6089 participants included, 2625 were PLWHIV or controls;1212 had serological measures available one month after their second dose and 1133 had negative anti-NCP antibodies: 591 PLWHIV and 542 controls. PLWHIV were older than controls: 56.5 years, (51.2-62.2) vs 52.1 years (42.1-62.6) and more frequently male (78.7% vs 52.1%). All PLWHIV were under antiretroviral therapy, 76% had an undetectable viral load and 70.6% had CD4 counts above 500 cells/mm3. Participants had primarily received BNT162b2 (92.4% in PLWHIV vs 88.2% in controls). Proportions of participants who developed anti-Spike IgG (98.5% [97.1;99.3] vs 100.0% [99.3;100.0], p<0.01) and neutralizing antibodies (96.8% [95.0;98.1] vs 99.8 [99.0;100.0], p<0.01) were significantly lower in PLWHIV compared to controls. Of the nine non-responding PLWHIV, all were in CDC stage C, two had detectable HIV viral load and seven had CD4 cell counts below 200/mm3. PLWHIV had similar levels of anti-Spike antibodies (1149.0 [1066.6;1237.8] vs 1299.3 [1208.7;1396.6] BAU/mL, p=0.27) but lower seroneutralization titers (156.8 [141.9;173.2] vs 279.8 [256.1;305.6] IU/mL, p<0.01) than controls (figure). Conclusion: PLWHIV under ARV treatment had high response rates one month after two doses of COVID-19 vaccination. Nonetheless, seroneutralization titers were lower, and non-responders in PLWHIV had a more advanced disease stage. Longer follow-up is needed to gain a better insight into the humoral response after COVID-19 vaccination in PLWHIV.

Alimentation et risque d'infection par le SARS-CoV-2 : étude prospective dans la cohorte NutriNet-Santé

Financement: SAPRIS-SERO : ANR (#ANR-20-COVI-000, #ANR-10-COHO-06), Fondation pour la Recherche Médicale (#20RR052-00), Inserm (#C20-26). Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

Poids, composition corporelle et risque d'infection par le SARS-CoV-2 au sein d'une large population

Financement: SAPRIS-SERO : ANR (#ANR-20-COVI-000, #ANR-10-COHO-06), Fondation pour la Recherche Médicale (#20RR052-00), Inserm (#C20-26). Déclaration de liens d’intérêts: Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.

Nutritional risk factors for SARS-CoV-2 infection: prospective study from the NutriNet-Santé cohort

Background Many hypotheses were raised regarding a role of nutrition in COVID-19 (susceptibility to infection, disease severity) based on the importance of macronutrients, vitamins or minerals for a proper functioning of the immune system. Our objective was to study the associations between dietary intakes and the seroprevalence SARS-CoV-2 infection in a large population-based sample. Methods Our analyses included 7766 adults from the French NutriNet-Santé cohort who provided at least 6 valid 24h dietary records in the two years preceding the start of the COVID-19 pandemic in France (February 2020). An ELISA assay was used to detect anti-SARS-CoV-2 antibodies: 311 participants were positive and 7455, negative. Associations between dietary intakes and the seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 antibodies were investigated using multi-adjusted logistic regressions. Results A lower seroprevalence of SARS-CoV-2 infection was associated to higher intakes of vitamin B9 (HR = 0.84 (0.72-0.98)), vitamin C (HR = 0.85 (0.75-0.97)), vitamin K (HR = 0.86 (0.74-0.99)), dietary fibres (HR = 0.84 (0.72-0.97)), and fruit and vegetables (HR = 0.84 (0.74-0.97)). Higher intakes of calcium (HR = 1.17 (1.01-1.35)) and dairy products (HR = 1.19 (1.06-1.33)) associated to a higher seroprevalence of SARS-CoV-2 infection. No association was observed with other food groups or nutrients or with the overall diet. Conclusions Based on exhaustive seroprevalence data in a large population-based sample, our results suggested that higher intakes of vitamin C, folates, vitamin K, dietary fibres and fruit and vegetables were associated with a lower susceptibility to SARS-CoV-2 infection. Key messages Higher intakes of vitamin C, folates, vitamin K, dietary fibres and fruit and vegetables were associated to a lower susceptibility to SARS-CoV-2 infection, assessed with exhaustive seroprevalence data. Beyond its established role in the prevention of non-communicable diseases, nutrition could also contribute to prevent some infectious diseases such as COVID-19.

Evaluation of formulations to improve SARS-CoV-2 viability and thermostability after lyophilisation.

In the context of the COVID-19 pandemic, virus collections such as EVA-GLOBAL play a key role in the supply of viruses and related products for research. Freeze-drying techniques for viruses represent a method of choice for the preservation of strains and their distribution without the need for a demanding cold chain. Here, we describe an optimised lyophilisation protocol usable for SARS-CoV-2 strains that improves preservation and thermostability. We show that sucrose used as an adjuvant represents a simple and efficient stabilizer providing increased protection for long-term preservation and shipment of the virus under different climatic conditions.

The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade.

In 2019, a new coronavirus (2019-nCoV) infecting Humans has emerged in Wuhan, China. Its genome has been sequenced and the genomic information promptly released. Despite a high similarity with the genome sequence of SARS-CoV and SARS-like CoVs, we identified a peculiar furin-like cleavage site in the Spike protein of the 2019-nCoV, lacking in the other SARS-like CoVs. In this article, we discuss the possible functional consequences of this cleavage site in the viral cycle, pathogenicity and its potential implication in the development of antivirals.